学内共同利用機器 |
広島大学両生類研究センターは学内共同教育研究施設として以下の機器類を学内の皆さまにご利用いただいています。
1. フィルジェン社 CLC Genomics Workbench 詳細へジャンプ
2. ゲノム解析用大型サーバーシステム 詳細へジャンプ
3. バイオラッド社 CFX Connect リアルタイムPCR解析システム 詳細へジャンプ
4. Zeiss社 光学セクショニング機能付き電動蛍光実体ズーム顕微鏡 ApoTome.2 with AxioZoom.V16 詳細へジャンプ
5. Zeiss社 光学セクショニング機能付き電動蛍光倒立顕微鏡 詳細へジャンプ
6. クライオスタット LEICA CM3050S 詳細へジャンプ
7. 超ロングリードシーケンサー PromethION 2 Solo 詳細へジャンプ
8. パルスフィールドゲル電気泳動装置 BluePippin 詳細へジャンプ
9. パルスフィールドゲル電気泳動装置 Pippin Pulse 詳細へジャンプ
10. マイクロチップ電気泳動装置 Multi-NA 詳細へジャンプ
これらの機器の利用をご希望の方は下記連絡先にご希望の利用機器および利用日時をお知らせください。新規に利用を開始する前に管理者による講習の受講が必要な機器がありますのでご注意ください。
利用料金につきましては、実費相当分を算出した額を請求いたします（額は下記の各機器の「使用料」をご覧ください。）。
両生類研究センター事務室
電話: 082-424-7328
E-mail: frogjimu#hiroshima-u.ac.jp (# を @ に換えて)
機器の詳細
1. フィルジェン社 CLC Genomics Workbench
NGS 解析の生データを、エクセル等の汎用ファイルに加工するワークベンチ。
使用料：10,000円／解析
設置場所：両生類研究センターS302号室
設置年：2017年
特徴・仕様など
利用可能な解析
・トランスクリプトーム解析
・遺伝子発現解析
・新規ゲノムアセンブリ
・ゲノム多型解析
・エピゲノミクス解析
など
ソフトウェアの詳細については下記をご覧ください
https://filgen.jp/Product/BioScience21-software/CLC/index11-g.htm
ワークステーションの仕様
CPU: Intel Xeon E5-2680v4 x 2
RAM: 128GB
GPU: NVIDIA Quadro P4000/8GB
HDD: 480GB(SSD)+24TB
Drive: Blu-ray disk drive
備考
・基本的に解析内容を管理者に問い合わせの上、管理者が操作して解析を行う。
管理・問い合わせ
・井川武 (tigawa@hiroshima-u.ac.jp 東広島4359)
NGS データの高速解析用。
使用料：上記 CLC Genomics Workbench の使用料に含める。
設置場所：両生類研究センターS302号室
設置年：2017年
特徴・仕様など
データ解析プラットフォームGalaxyによる解析
・トランスクリプトーム解析
・遺伝子発現解析
・新規ゲノムアセンブリ
・ゲノム多型解析
・エピゲノミクス解析
など
オープンソースソフトウェアによる解析
ワークステーションの仕様
DELL PowerEdge T440
CPU: Intel Xeon Silver 4214 x 2
RAM: 384GB
HDD: 8TB
備考
・Glaxyによる解析の場合は、各自で解析を行う。
・その他ソフトウェアによる解析の場合は、基本的に実施内容を管理者に相談の上、対応する。
管理・問い合わせ
・井川武 (tigawa@hiroshima-u.ac.jp 東広島4359)
3. バイオラッド社 CFX Connect リアルタイムPCR解析システム
NGS 解析結果の検証に便利な高機能リアルタイム PCR 装置。
使用料（案）：200〜300円／回程度
設置場所：両生類研究センターM210号室
設置年：2017年
特徴・仕様など：メーカーの Web ページをご覧ください。
備考
・新規に利用を開始する前に管理者による講習の受講が必要。
・原則平日の8:30-17:00に使用可能。
管理・問い合わせ
・中島圭介 (kei@hiroshima-u.ac.jp 東広島4617)
4. Zeiss社 光学セクショニング機能付き電動蛍光実体ズーム顕微鏡 ApoTome.2 with AxioZoom.V16
共焦点顕微鏡と異なり、生体資料へのダメージを抑えてセクショニング解析が可能。カラー／モノクロカメラ付き。
名称：電動蛍光ズーム顕微鏡 Axio Zoom
使用料（案）：530円／時間（励起光源不使用の場合）または 640円／時間（励起光源使用の場合）
設置場所
両生類研究センターバイオリソース棟S301号室
設置年
2017年
特徴
・電動式の蛍光ズーム顕微鏡
・広い視野で明るく高画質な画像取得が可能
・電動ステージによる多点観察やタイリング画像の作成が可能
・構造化照明（SIM）により光学セクショニング画像の取得が可能
主な仕様
・顕微鏡：Zeiss Axio Zoom.V16
・ズーム倍率：0.7x – 11.2x
・対物レンズ：PlanNeoFluar Z 1x/0.25, PlanNeoFluar Z 2.3x/0.57
・蛍光フィルター：DAPI, GFP, GFP LP, RFP
・カメラ：Axiocam 506 mono, Axiocam 506 color
・光学セクショニング機能：ApoTome.2
・電動ステージ
・ソフトウェア：ZEN 2
備考
・新規に利用を開始する前に管理者による講習の受講が必要。
・原則平日の8:30-17:00に使用可能。
管理・問い合わせ
・鈴木菜花 (nanokas@hiroshima-u.ac.jp 東広島5284)
・鈴木 誠 (makotos@hiroshima-u.ac.jp 東広島5284)
5. Zeiss社 光学セクショニング機能付き電動蛍光倒立顕微鏡
蛍光標識された多くの生体サンプルを高速撮影してスクリーニングするのに適している。カラー／モノクロカメラ付き。
名称：電動蛍光倒立顕微鏡 Axio Observer
使用料（案）：300円／時間（励起光源不使用の場合）または 400円／時間（励起光源使用の場合）
設置場所：両生類研究センターバイオリソース棟S301号室
設置年：2017年
特徴
・電動式の蛍光倒立顕微鏡
・高NA水浸レンズを備え明るく高分解能の画像取得が可能
・電動ステージによる多点観察やタイリング画像の作成が可能
・構造化照明（SIM）により光学セクショニング画像の取得が可能
主な仕様
・顕微鏡：Zeiss Axio Observer.Z1
・対物レンズ：Plan-NEOFLUAR 2.5x/0.085, Plan-NEOFLUAR 5x/0.16, Plan-NEOFLUAR 10x/0.3 Ph1, LD Plan-NEOFLUAR 20x/0.4 Ph2 Korr, LD LCI Plan-APOCHROMAT40x/1.2 Imm Korr DIC
・蛍光フィルター：DAPI, GFP, GFP LP, RFP, Cy5
・カメラ：Axiocam 712 mono, Axiocam 506 color
・光学セクショニング機能：Apotome 3
・電動ステージ
・ソフトウェア：ZEN 3
備考
・新規に利用を開始する前に管理者による講習の受講が必要。
・原則平日の8:30-17:00に使用可能。
管理・問い合わせ
・鈴木菜花 (nanokas@hiroshima-u.ac.jp 東広島5284)
・鈴木 誠 (makotos@hiroshima-u.ac.jp 東広島5284)
カメラと合わせて CoMBI システムを構築することにより、両生類胚の簡便な 3D 画像解析が可能。
使用料（案）：1,000〜2,000円／回程度
設置場所：両生類研究センターM201号室
設置年：2009年
特徴・仕様など：メーカーの Webページをご覧ください。
備考
・新規に利用を開始する前に管理者による講習の受講が必要。
・原則平日の8:30-17:00に使用可能。
管理・問い合わせ
・中島圭介 (kei@hiroshima-u.ac.jp 東広島4617)
ゲノム解析、アイソフォーム解析、個別領域・個別染色体シーケンスなどを可能にする超ロングリードシーケンサー。
使用料：10,000円／run
設置場所：両生類研究センター（詳細はお問い合わせください）
設置年：2023年
特徴・仕様など：メーカーの Webページをご覧ください。
管理・問い合わせ
・井川武 (tigawa@hiroshima-u.ac.jp 東広島4359)
・林利憲 (toshih2@hiroshima-u.ac.jp 東広島7481)
目的サイズの DNA 断片の自動分取が可能なパルスフィールドゲル電気泳動装置。
使用料：200円／時間
設置場所：両生類研究センター（詳細はお問い合わせください）
設置年：2023年
特徴・仕様など：メーカーの Webページをご覧ください。
管理・問い合わせ
・井川武 (tigawa@hiroshima-u.ac.jp 東広島4359)
高分子 DNA 断片のサイズ確認が可能なパルスフィールドゲル電気泳動装置。
使用料：300円／時間
設置場所：両生類研究センター（詳細はお問い合わせください）
設置年：2023年
特徴・仕様など：メーカーの Webページをご覧ください。
管理・問い合わせ
・井川武 (tigawa@hiroshima-u.ac.jp 東広島4359)
高分解能電気泳動装置。
使用料（案）：200〜360円／サンプル
設置場所：両生類研究センターM210号室
設置年：2015年
特徴・仕様など：（生産終了品にてメーカーサイトでは確認できません。）
管理・問い合わせ
・中島圭介 (kei@hiroshima-u.ac.jp 東広島4617)